กรณีการสิ้นพระชนม์

                 การสิ้นพระชนม์ของพระสุพรรณกัลยานั้นอาจเกิดจากการทำสงความยุทธหัตถีของสมเด็จพระนเรศวรกับพระมหาอุปราช ที่ฝ่ายสมเด็จพระนเรศวรเป็นผู้ชนะ ซึ่งมีหลักฐานที่ขัดแย้งกันหลายหลักฐานทั้ง จากพงศาวดารไทยหรือแม้แต่หลักฐานของพม่าซึ่งหลักฐานแรก คือ

 คำให้การชาวกรุงเก่าที่ในใจความนั้น ระบุว่า การสิ้นพระชนม์ของพระมหาอุปราชมังกะยอชะวาทำให้พระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงโกรธมาก จึงรับสั่งให้าแม่ทัพนายกองที่แพ้กลับมาในครั้งนั้นใส่คาย่างไฟและได้เสด็จไปที่พระตำหนักของพระสุพรรณกัลยาและทรงเอาพระแสงดาบฟันพระนางและพระราชธิดาสิ้นพระชนม์ทั้งสองพระองค์ โดยในการได้คำให้การชาวกรุงเก่าประมาณการว่าพระสุพรรณกัลยาน่าจะทรงมีพระชนมายุประมาณ 39 พรรษา  อีกหลักฐานหนีง คือ

  คำให้การขุนหลวงหาวัด ได้กล่าวไว้ใกล้เคียงกันกับคำให้การของชาวกรุงเก่า  แต่ต่างที่เป็นพระราชโอรสไม่ใช่พระราชธิดา ในความที่ได้ยกมาว่า "ฝ่ายพระเจ้าหงสา ทรงพระพิโรธยิ่งนัก ก็เสด็จเข้าไปในพระราชฐานเห็นองค์พระพี่นางพระนเรศวรนั้นบรรทมให้พระราชโอรสเสวยนมอยู่ในพระที่ พระเจ้าหงสาวดีจึงฟันด้วยพระแสง ก็ถูกทั้งพระมารดาและพระโอรสทั้งสองพระองค์ ก็ถึงแก่พิราลัยด้วยกันทั้งสองพระองค์ ด้วยพระเจ้าหงสาวดีทรงโกรธยิ่งนัก มิทันจะผันผ่อนได้"

และ พงศาวดารพม่าฉบับหอแก้ว แต่งขึ้นโดยพระบรมราชโองการของกษัตริย์พม่าเมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2372 (ช่วงต้นสมัยกรุงรัตนโกสินทร์) ดังที่ได้ยกความในการกล่าวถึงพระสุพรรณกัลยาว่า พระองค์มีคนสนิทคนหนึ่ง มีนามว่า พระองค์จันทร์ ภายหลังพระอุปราชาสิ้นพระชนม์ในการกระทำยุทธหัตถีกับสมเด็จพระนเรศวรมหาราชนั้น พระเจ้านันทบุเรงมิได้ประหารพระสุพรรณกัลยาทันทีที่ทราบข่าว หากแต่ได้เสวยน้ำจัณฑ์จนเมามายอยู่เป็นเวลานาน แต่ละวันก็พาลหาเรื่องพระสุพรรณกัลยาและขู่อาฆาตบ่อยๆ จนพระนางสังหรณ์พระทัย ได้ทรงเรียกพระองค์จันทร์มาปรับทุกข์หลายครั้ง ท้ายที่สุดพระองค์ได้ตัดปอยพระเกศาใส่ผอบเครื่องหอมประทานแก่พระองค์จันทร์ เตรียมนำไปถวายสมเด็จพระนเรศวรมหาราชที่กรุงศรีอยุธยา เผื่อพระองค์จะไม่มีพระชนม์ชีพต่อไป ต่อมาวันหนึ่งพระเจ้านันทบุเรงทรงเมามายไม่ได้พระสติ ได้เสด็จไปถึงห้องพระบรรทมของพระสุพรรณกัลยาแล้วใช้พระแสงดาบฟันแทงพระสุพรรณกัลยาสิ้นพระชนม์อยู่บนพระที่นั่นเอง แต่อย่างไรก็ตามพงศาวดารพม่าฉบับหอแก้วได้ระบุว่าพระนางมีพระราชโอรสกับพระเจ้าบุเรงนองหนึ่งพระองค์ และในครรภ์อีก 1 พระองค์ เมื่อพระเจ้านันทบุเรงทรงคืนพระสติแล้ว ก็ได้มีพระราชโองการจัดพระราชพิธีพระราชทานเพลิงพระศพแก่พระสุพรรณกัลยาอย่างสมพระเกียรติ ส่วนพระองค์จันทร์นั้นได้ลักลอบออกจากวังโดยนำผอบพระเกศาไปกับนายทหารมอญโดยทำทีเป็นสามีภรรยากันตลอดเป็นเวลาสามเดือนเศษจนถึงกรุงศรีอยุธยา และได้นำความกราบบังคมทูลแก่พระญาติวงศ์ท่ามกลางความโศกเศร้าเสียใจ ในครั้งนั้น พระองค์จันทร์ได้รับการสถาปนาเป็น ท้าวจันทร์เทวี หลังจากได้พระราชทานเพลิงพระศพพระวิสุทธิกษัตรีย์ (ซึ่งทางไทยได้กล่าว่าสิ้นพระชนม์เนื่องจากทรงตรอมพระทัยในการสูญเสียพระสุพรรณกัลยา) สมเด็จพระนเรศวรทรงได้ยกทัพไปตีหงสาวดีและตองอูแต่ไม่สำเร็จ ระหว่างที่พระองค์ได้รับพระอัฐิพระสุพรรณกัลยาจากมอญผู้หนึ่งในช่วงที่พระองค์ประทับ ณ เมืองปาย ทรงพระสุบินถึงพระสุพรรณกัลยาได้เสด็จมาพบและตรัสว่าพระนางเปรียบเสมือนคนสองแผ่นดิน มีความผูกพันทั้งไทยและพม่า จึงมีพระประสงค์ที่จะพำนักเมืองปายนั่นเอง จากการพระสุบินดังกล่าวสมเด็จพระนเรศวรจึงหยุดทัพไว้ที่เมืองปาย เป็นเวลา 32 วัน และโปรดฯให้ม้าเร็วเข้ามารับตัวท้าวจันทร์เทวีขึ้นไป และนำผอบบรรจุพระเกศาขึ้นไปด้วย จากนั้นก็โปรดให้สร้างพระพุทธรูปขึ้นองค์หนึ่ง และพระเจดีย์เพื่อจะประดิษฐานพระเกศาและพระอัฐิไว้ ณ เมืองปาย ปัจจุบันเชื่อกันว่าอยู่ที่วัดน้ำฮู อำเภอปาย จังหวัดแม่ฮ่องสอนนั่นเอง

ซึ่งไม่ว่าอย่างไรหลักฐานของไทยและพม่าจะแตกต่างกันแต่ก็แสดงความถึงหัวใจแห่งความกล้าหาญ เด็ดเดี่ยว ยอมเสียสละความสุขส่วนพระองค์ของพระสุพรรณกัลยาที่พระองค์ทรงรักในแผ่นดินเกิดแม้ว่าพระองค์จะไม่ได้กลับมาเหยียบแผ่นดินอันเป็นที่รักยิ่งแม้กระทั่งลมหายใจสุดท้ายของพระองค์แต่พระองค์ก็ทรงยอมสละทุกอย่างในชีวิตของพระองค์เพื่อแลกด้วยการได้กลับคืนมาของเอกราชโดยมิได้ตกอยู่กับกรุงหงสาวดี ดั่งที่พระนเรศวรได้ทรงกราบทูลให้พระสุพรรณกัลยากลับกรุงศรีอยุธยา  แม้พระองค์อยากกลับมากเพียงใดแต่พระองค์ไม่ต้องการให้พระองค์เป็นตัวถ่วงของพระนเรศวรอละกองทัพไทย เพราะพระองค์ทรงทราบดีว่าพระองค์ทรงมีพระธิดาซึ่งทรงพระเยาว์ถ้าให้พระองค์เสด็จในการนี้ด้วยอาจทำให้กองทัพล้าช้า พระองค์จึงยอมสละความสุขส่วนพระองค์เพื่อให้ได้มาซึ่งความเป็นเอกราชของกรุงศรีอยุธยา การเสียสละของพระสุพรรณกัลยาครั้งนี้  ทำให้ไทยได้เป็นไทยจนถึงปัจจุบันไม่ต้องตกอยู่ภายใต้อำนาจของหงสาวดีหรือพม่าในปัจจุบัน  พระเกียรติของพระสุพรรณกัลยานับว่าทรงเป็นวีรสตรีไทยที่ควรแก่การยกย่องเชิดชู